Fondé en 1993 à Cleveland par Steve "Skinny" Felton, le groupe est rejoint par Jeffrey "Nothing" Hatrix, Jason "J. Mann" Popson, Tom "Schmotz" Schmitz, Marco "Bronson" Vukcevich, J.J Righteous, Mr Murdernickel, Dinner, Roxy Home ainsi que Chamberlin. Ils donnent ensuite leur premier concert en octobre 1993 dans un club de Cleveland. Alors qu'ils enchaînent les concerts, ils créent leur propre label avec Filthy Hands et sortent leur premier album éponyme en 1995. Après avoir assuré les premières parties de Marilyn Manson, Type O negative, Anthrax ou encore Misfist, ils donnent naissance à leur deuxième opus Superbuick en 1996. Entre temps Chamberlin et le bassiste Mr Murdernickel quitte le groupe. Ce dernier est remplacé par Jack "Pig Benis" Kilcogue. Par la suite Mushroomhead participent à des conférences musicales comme le CMJ à New York où le NXNE à Toronto. En 1999, leur troisième album M3 voit le jour. Le groupe ouvre ensuite pour Overkill et Six feet under. Puis Roxy Home part de Mushroomhead courant 1999 alors que J.J Righteous et Dinner laissent leur place à Dave "Gravy" Felton et Rick "Stitch" Thomas durant l'année 2000. S'ensuit la signature sur le label indépendant d'Universal: Eclipse. Le 5 mai 2001 XX arrive dans les bacs. Ils reviennent en 2003 avec XIII. Fin 2004 J. Mann quitte le groupe pour des raisons personnelles et est remplacé par Waylon Reavis. Le sixième album du groupe nommé "Savior Sorrow" est annoncé le 6 Juin 2006 (Le 06/06/2006 : 6/6/6) mais est finalement repoussé au 19 Septembre 2006. Bronson enregistre cet album et quitte le groupe pour débuter dans le cinéma New-Yorkais. Ce dernier ne sera pas remplacé. Malgré cela le groupe reste au nombre de huit puisqu'un percussionniste est engagé en 2009, il s'agit de Daniel "Lil'Dan". Rôle qu'occupait Stitch sur certains morceaux.
2009 est une année chargée pour le groupe. Ce dernier annonce que ses rivalités avec Slipknot ne sont plus (rivalités qui viennent du fait que Slipknot ait repris le concept des masques de Mushroomhead mais est plus connu) et est engagé pour écrire un morceau pour la bande original du film "Saw VI". Ce morceau se nomme "Your Soul Is Mine". C'est également cette année là que le groupe commence l'enregistrement de son prochain album, premièrement appelé "Slaughterhouse Road", les Mushroom' décident de le renommer "Beautiful Stories for Ugly Children". Cet album verra le jour le 28 Septembe 2010.