Samoth et Ihsahn sont deux norvégiens voulant très vite fonder un groupe qui va changer plusieurs fois de nom.
Tout d'abord c'est sous le nom d'Embryonic qu'ils sortent une première démo, puis ils fondent avec quelques amis Thou Shalt Shuffer.

Vers fin 1991 début 92, ils fondent avec Mortiis (un ami pratiquement toujours déguisé en troll) Emperor avec Insahn à la guitare, Samoth à la batterie qui deviendra 2ème guitariste dès l'arrivé de Faust et Mortiis à la basse. A cette même période le groupe va entrer en relation avec l'Inner Circle (organisation de black metal composé de Mayhem, Burzum, Darkthrone) dirigé par Euronymous (grateux de Mayhem) et Count Grishnackh (seul et unique membre de Burzum) dont l'activité va conduire à bruler des églises (en Scandinavie elles sont en bois).

Peu de temps après Mortiis quitte le groupe et sera remplacé par Tchort mais en 1993 les problèmes arrivent avec l'arrestation de Samoth condamné à 16 mois pour l'incendie d'une église et Faust condamné à 14 ans pour le meurtre sur un homosexuel lui ayant fait des avances ainsi que Tchort condamné à 6 mois pour attaque à main armée. Dès la sortie de prison de Samoth, Alver est recruté comme bassiste et Trym prend la place de Faust ...

Après la libération de Samoth, Trym Torson (ex. Enslaved) rejoint le groupe à la batterie ainsi que Alver à la basse et Emperor lance Anthems To The Welkin At Dusk à la fin de 1996. Considéré comme étant un de leur meilleurs disques, cet album offre un son plus complexe et progressif que leur précédents albums. Plusieurs magazines spécialisés, tel Terrorizer (Royaume-Uni) et Metal Maniacs (États-Unis) décernent à Anthems To The Welkin At Dusk le titre d'album de l'année. Alver quitte ensuite le groupe.

Maintenant continuant leur carrière en tant que trio, avec Ihsahn s'occupant des claviers, du chant, de la guitare et de la basse, le groupe a enregistré IX Equilibrium (plus orienté Death metal) et a fait des tournées en Europe et aux États-Unis. En 2000, Samoth et Trym décident d'aller davantage en direction du Death metal, pendant qu'Ihsahn explore les côtés plus artistiques et progressifs de la musique extrême, comme le démontre son projet Peccatum (avec sa femme Ihriel). Le groupe décide de se dissoudre en 2001, après le lancement de leur album final, Prometheus: the Discipline of Fire and Demise, album composé entièrement par Ihsahn et qui adopte vraiment côté sonore le courant moins underground suivi par le black metal des années 2000. Après cet album, la formation norvégienne parfois appelé "Kings of Black Metal" (Rois du Black Metal) se sépare pour des raisons personnelles et judiciaires.

Depuis ce temps, Samoth et Trym jouent toujours du Black/Death metal avec le groupe Zyklon et Ihsahn se concentre sur son projet Peccatum. Samoth fait aussi partie du groupe Scum où il officie au poste de guitariste, accompagné de Bård Faust, ancien batteur d'Emperor, et de Casey Chaos du groupe de punk rock américain Amen.

Le premier octobre 2005, le groupe prend tout le monde par surprise et annonce son retour sur scène, du moins pour des performances en Norvège et au célèbre festival metal, le Wacken Open Air en 2006. Toutefois, la formation s'abstient de préciser si cette réunification n'est que pour quelques spectacles ou bien pour un nouvel album.