Il est le créateur du groupe de power metal Iced Earth.

A l'age de 14 ans, Jon reçoit sa première guitare et commence à composer. A l'âge de 16 ans, il quitte le domicile familial pour Tempa, en Floride. En 1985 Shaffer fonde le groupe de power/thrash Purgatory qui est très vite renommé Iced Earth. Il est aujourdui le dernier "survivant" du line-up d'origine, mais surtout le seul musicien présent sur tous les albums du groupe. Il est aussi et surtout le principal compositeur du groupe, a écrit lui-même la plupart des paroles et des musiques .

Il caractèrise son jeux par une rapidité d'exécution rarement égalée pour un guitariste rythmique (voir DVD Alive In Athene "Pure Evil") .

Shaffer a aussi enregistré et tourné avec Demons and Wizards , son side project avec le chanteur de Blind Guardian Hansi Kürsch.

Source: Wikipedia